Offre de CDD d’1 an

Ingénieur en développement logiciel

Mot clés : python, conda, Snakemake, Singularity/Apptainer, MySQL

CONTEXTE

L’URGI, unité INRAE de recherche en bioinformatique dédiée à la génomique et à la génétique des plantes et de leurs bio-agresseurs, recherche un ingénieur en développement logiciel pour un contrat en CDD de 12 mois. La personne recrutée intégrera le service « Annotation des génomes » de la plateforme PlantBioinfoPF hébergée par l’URGI.

MISSIONS

La personne recrutée participera au développement de la suite logicielle REPET , outil phare de l’unité, qui permet la détection, l’annotation et l’analyse des éléments transposables dans les génomes. L’objectif sera de faire évoluer le code de REPET dans le gestionnaire de workflow Snakemake pour mieux gérer les dépendances par des appels d’images de conteneurs et de paquets Conda. Ce projet a pour objectif : d’améliorer la portabilité et l’évolutivité de REPET.

COMPETENCES NECESSAIRES

• Bonnes capacités relationnelles, goût pour le travail en équipe.
• Maîtrise de l’environnement Linux.
• Connaissances en bases de données relationnelles (MySQL).
• Bonnes connaissances du langage de script (bash, Python).
• Connaissances du framework Snakemake
• Connaissances du gestionnaire de packages Conda
• Connaissances des technologies de containerisation (Docker, Singularity/Apptainer)

MODALITES DE CANDIDATURE

Le candidat doit être diplômé d’un Master2 de bioinformatique ou informatique ou d’une Ecole d’ingénieur.

Les candidatures (CV + lettre de motivation) doivent être adressées le plus tôt possible et jusqu’au 15/09/2023 par courriel à johann.confais@inrae.fr avec l’objet suivant : [CDD REPET 2023].